Collezione di argille trovate nel lago di Monterotondo a diverse profondità (Grosseto) (37 esemplari) Donatore/i Ing. Enrico Durval Anno/i donazione 1859
Collezione di Marmi del Gabinetto di Storia Naturale del R. Liceo di Siena (101 esemplari) deposito permanente dal 2002
Collezione di minerali e rocce del Gabinetto di Storia Naturale del R. Liceo di Siena (771 esemplari) deposito permanente dal 2002
Collezione di rocce sedimentarie e metamorfiche dei Monti Pisani ed oltre Serchio (Pisa e Lucca) (91 esemplari) acquisizione sconosciuta
Collezione di rocce trovate a Campo Mazzuli presso il lago di Monterotondo (Grosseto) (21 esemplari) Donatore/i Ing. Enrico Durval Anno/i donazione 1859
Collezione geologica dei terreni lungo la ferrovia Siena - Sinalunga (137 esemplari) Donatore/i Ing. Girolamo Tarducci (Ingegnere capo delle ferrovie senesi) Anno/i donazione 1862
Collezione geologica della galleria di Monte Arioso (Siena) (187 esemplari) Donatore/i Eredi Prof. Giuseppe Pianigiani Anno/i donazione 1853
Collezione geologica delle cave di lignite della Velona (Grosseto) (22 esemplari) Donatore/i Ing. A. Bozzo Anno/i donazione 1873
Collezione geologica di Monte Miniera, Poggio al Montone e Castellaccia (Grosseto) (66 esemplari) Donatore/i Ing. Antonio Rovis Anno/i donazione 1860
Collezioni paleontologiche
Collezione di conchiglie fossili del Bacino di Vienna
(circa 3000 esemplari da classificare)
Donatore/i Prof. Theodor Fuchs (Direttore del Gabinetto Imperiale Storico e Naturale di Vienna) Anno/i donazione 1878
Collezione di conchiglie fossili raccolte dal Dott. Silverio Bonelli Donatore/i Fam. Bonelli Anno/i donazione 1876
Collezione di conchiglie fossili raccolte dal Prof. Tino Lipparini Donatore/i Prof. Tino Lipparini (Docente di Palentologia all’Università di Siena e Fisiocritico) Anno/i donazione 1990
Collezione di conchiglie fossili raccolte dall'Abate Ambrogio Soldani Donatore/i Abate Ambrogio Soldani (Segretario dell'Accademia dei Fisiocritici e professore di Geometria all'Università di Siena) Anno/i donazione 1810
Collezione di fossili del Gabinetto di Storia Naturale del R. Liceo di Siena (334 esemplari) deposito permanente dal 2002
Collezione di fossili del territorio di Siena e di altre località
(collezione didattica)
Donatore/i Prof. Fiorella Rosi Anno/i donazione 2010
Collezione di fossili donati dalla Sig.ra Emilia Wilder (22 esemplari) Donatore/i Sig.ra Emilia Wilder (di Albany, New Jork) Anno/i donazione 1897
Collezione di fossili raccolti dall'Associazione Speleologica Senese dono (intorno agli anni 1960 - 1970 in varie grotte della Montagnola Senese)
