La Sezione Geologica comprende esemplari di Storia Naturale quali minerali, rocce e fossili, organizzati in diverse collezioni. Il Museo si è costituito nel tempo essenzialmente attraverso donazioni avvenute prevalentemente nell'Ottocento e si annovera, quindi, tra i musei di tipo evergetico.
Molte collezioni sono rappresentative dalla Toscana meridionale, alcune, in particolare, provengono da miniere coltivate sin dagli Etruschi, tutte ormai prive di attività estrattiva.
Le collezioni conservano, nel loro allestimento ostensivo in antiche vetrine, tipiche caratteristiche ottocentesche. Gli stessi supporti, quali vasetti, vaschette, tubetti o ampolline in vetro, sono di manifattura ottocentesca.
Nell’allestimento é seguito, per quanto possibile, un criterio sistematico nella Collezione generale di minerali, anche cronologico per ciò che attiene le collezioni paleontologiche.
Allo stato attuale è in corso di aggiornamento la catalogazione
e il riordinamento delle collezioni di minerali e rocce. Il catalogo informatico di ogni collezione, una volta elaborato, viene reso fruibile in rete.
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